С первых же дней своего существования ВЧК заняла исключительное место в системе органов государственной власти Республики, причём Председатель Совнаркома постоянно и целенаправленно поддерживал ВЧК, когда у неё возникал конфликт интересов с другими ведомствами - Наркоматом юстиции и Наркоматом внутренних дел. Руководителям этих ведомств было разъяснено, что они не имеют права вносить какие-либо изменения в постановления ВЧК или же отменять их, освобождая тех, кого арестовали чекисты.
Вот характерное предложение Наркомюста: "Аресты и возбуждение дел против членов Учредительного собрания и других лиц, задержание которых имеет выдающееся политическое значение, происходят лишь с ведома Народного комиссариата юстиции и внутренних дел".
Ленин решительно зачёркивает предложенную Наркомюстом формулировку и предлагает свой вариант: "Об арестах, имеющих выдающееся политическое значение, комиссии извещают Народные комиссариаты юстиции и внутренних дел".
Руководители силовых ведомств получают разъяснение: все их конфликты с ВЧК, по которым не удалось достичь соглашения, поступают на окончательное разрешение Совнаркома, "не останавливая обычной деятельности" ВЧК. Ленин закрепляет за собой роль верховного арбитра во всех грядущих спорах руководителей силовых структур.
Народный комиссар юстиции Николай Васильевич Крыленко позже писал, что ВЧК быстро превратилась в особый орган государственной власти, "страшный беспощадностью своей репрессии и полной непроницаемостью для чьего бы то ни было взгляда всего того, что творилось в ее недрах".